周其仁在北大EMBA当院长吗？在电视上看到过，但没有说清楚。

应该不是。他是北京大学国家发展研究院的院长。EMBA和MBA是国家发展研究院下属的两个专业。
北京大学国家发展研究院（National School of Development at Peking University，简称NSD）是在北京大学中国经济研究中心基础上新组建的一个以综合性社会科学研究为主的科研教学机构，致力于中国社会科学的国际化、规范化、本土化，推进学科体系、学术观点和研究方法的创新。北京大学中国经济研究中心将作为国家发展研究院的一个机构继续存在。