‘全国银行间债券市场回购交易单位为债券面额1万元’的交易单位是什么意思？

交易单位就是“债券面额”，即债券所标识的面额，债券面额的最小单位为百元。
每百元债券面额的价格在一级市场通过招标由投标者或直接由发行人确定。如财政部“2011年记帐式贴现（三期）国债”与2011年7月8日招标发行，发行价格为人民币98.211元，实际发行量为117.6亿元。
每百元债券面额的价格通过二级市场的交易体现，就是你问的情况，因此交易时应与交易对手方明确交割价格。如“2011年记帐式贴现（三期）国债”每百元面值的债券价格为98.5或101.4元，影响该价格的因素包括经济形势、资金面情况、同类债券的供需等。

通过交易所委托系统进行国债回购交易的申报，跟买卖股票一样：
1、申报方向：融资方（资金需求方）为"买入"；融券方（资金拆出方）"卖出"。
2、申报帐号：回购交易按席位进行清算交收，交易申报时可不输入证券帐号或基金帐号。
3、报价方法：按回购国债每百元资金应收（付）的年收益率报价。报价时，可省略百分号（%）。
4、最小报价变动：0.005或其整数倍。
5、申报单位：以"手"为申报及交易单位，1手等于1000元面值。
6、最小交易单位：以面值10万元（即100手）的标准为最小交易单位。
7、每笔申报限量：最大不得超过1万手。